管理决策水平低，盲目上项目造成资金沉淀，是导致乡村债务增加的问题所在。
而从客观上讲，主要是体制和政策等因素造成的，表现在下列几个方面：
一是财政体制不平衡，乡村事权大于财权，硬性财政支出多，收不抵支。据农调队测算，全国乡级每年需要3700亿元才能维持合法生存，如果按支出的70%计算，也要支出2590亿元；
而总来源只有750亿元，收支相抵每年相差1840亿元。
二是农村公共品需求日益增长，加重了乡村债务包袱。有资料显示，在乡村债务中，用于乡镇公共品建设投入的占债务总额的40.9%，用于改善农村生产经营条件的占10.4%。
三是以减负为目标的农村税费改革与农村转移支付机制的不配套，增加了乡村债务的机率。农村税费改革在制止滥收费、减轻农民负担的问题上起到了明显的作用。而新的乡村财务管理体制并没有随之建立起来，乡村用来维持日常工作运转的可用资金越来越少。临时性的国家对农村的财政转移支付数额小，中间抵扣的环节又多，真正能到村的很少。要解决农业生产经营性的投资问题，还得要靠借债来维系。
四是财政供养人员多，支出过高。
五是上世纪兴办乡镇企业，留下了乡村债务隐患。在乡村债务中，兴办乡镇企业而留下的债务占债务总额的11.3%。
六是弥补农村合作基金会亏损，增加了乡村债务。
由此可见，化解乡村债务是一项涉及面广、政策性强、工作难度大的系统工程，必须突出重点，标本兼治。既要全力抓好现有债务的化解工作，又要建立预防新债务产生的长效机制。
第一，研究制定化解乡村债务和债权清收的政策规定。建议由国家发改委牵头，会同财政部、农业部、劳动和社会保障部、水利部、商务部、国家税务总局等相关部门，组织联合调研组，选择几个有代表性的地区进行实地调研，拿出化解乡(镇)、村债务问题的具体方案。在搞好试点的基础上，统筹兼顾，稳步推进。
第二，采取切实措施化解乡村债务。本着实事求是的原则，对乡村财务进行彻底清理，分析其成因、构成。对因乡村谋发展、保稳定而向国家金融部门借贷形成的债务，国家应通过挂账、停息、贴息和缓收的办法来化解乡村债务危机。对因欠税费而形成的债务，可采取退税的办法来解决。依照国有企业破产的办法和程序，允许乡镇企业进行依法破产，从而盘活企业，解脱债务。建立化解乡村债务工作专项资金。各级财政每年可划拨专项补助资金，用于化解乡村因建校、基础设施建设形成的债务。减少不切实际的评比达标活动，禁止在报刊征订中的硬性摊派，严肃查处加重乡村经济负担的行为。
第三，适度提高地方在税收分成中的比重。中央应在合理划分县乡两级事权和财权的基础上，进一步完善分税制体制，适当提高地方在税收分成中的比例。
第四，建立乡村公共财政体系。完善国家财政转移支付，加大对乡村的财政转移支付力度。国家财政转移支付在现有解决村干部工资、特困户救助的基础上，对乡村基础设施建设、农业保险、农村社会保障体系的资金，应全部或部分纳入国家统一财政预算，确保乡村基本公共品的需求。对国家财政转移支付资金要确保专款专用，堵塞中间截留环节。建立健全新的乡村财务监管体制。对乡镇财政实行县管乡用，在县市财政设立统一的财政专户。改革农村会计管理制度，村会计的任免权收归乡镇，全面实行村账乡管。实行村财务会计集中核算，推广财务电算化管理。
第五，全力推进与税费改革相关的各项配套改革。扎实推行乡镇机构改革，调整合并规模较小的乡镇，严控乡镇党政机构行政编制。适时合并行政村，建立中心村，提倡村干部交叉任职、兼职等，减少支出。调整和完善农村义务教育的管理体制和投入体制，农村中小学教师工资由中央、地方各级政府共同负担，县财政统管，以减轻县、乡财政压力。抓好以增资扩股、清收盘活不良贷款为重点的农村信用社改革，通过大力推行小额农贷清欠的办法化解债务。
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